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L’Aquario propriamente detto si sviluppa al piano terra dove sono presenti una trentina di vasche di diverse dimensioni.
Le cinque vasche più grandi rappresentano i principali ambienti dell’alto Adriatico (allevamento di mitili, barriere artificiali sommerse, relitto, molo e ambiente pelagico), mentre le vasche minori ospitano le specie tipiche del Mar Mediterraneo, tra cui astici, aragoste, orate, branzini, scorfani, dentici, murene, cefali e mormore.